Het Nationaal Kinderkoor werd in 1989 opgericht, voortgekomen uit het beleid van de toenmalige stichting SNK (later Unisono / Kunstfactor) en stafmedewerker Silvère van Lieshout om de kinderkoorzang in Nederland te stimuleren. Het koor had aanvankelijk de functie van demonstratie- en voorbeeldkoor, een rol die heeft bijgedragen aan de groeiende waardering voor het vakgebied, de toename van kinderkoren in Nederland en de verspreiding van repertoire. Het eerste concert vond plaats in Workum, gecombineerd met een radio-opname. De huidige landelijke opzet met gespreide lesplaatsen over het land werd in 1991 ingevoerd.

In 1996 volgde de oprichting van het Nationaal Jeugdkoor als vervolgtraject op het Nationaal Kinderkoor.

Met de Cultuurnota 1997–2000 besloot het ministerie om ondersteuningsfuncties van landelijke instellingen deels te verleggen naar het veld. Dit leidde ertoe dat de SNK in 1998 beide koren afstootte. Op initiatief van onder anderen Tom Doude van Troostwijk en Cees Riksman werden de koren ondergebracht in een nieuw opgerichte stichting. In 1999 werd Silvère van Lieshout opgevolgd door Wilma ten Wolde (van 2011 t/m 2024 tevens directeur-bestuurder van Stichting Vocaal Talent Nederland | Nationale Koren).

In 2001 werd de missie van de organisatie opnieuw vastgesteld: het opsporen en tot bloei brengen van jong vocaal talent. Tegelijkertijd veranderde de naam van de stichting in Vocaal Talent Nederland (VTN). Hiermee werd benadrukt dat de koren geen doel op zich zijn, maar een middel om talent te ontwikkelen.

In 2006 nam VTN het Omroep Jongenskoor over van het Muziek Centrum van de Omroep, dat vanwege bezuinigingen genoodzaakt was het koor af te stoten. Het koor kreeg de naam Nationaal Jongenskoor en richtte zich op de bevordering van jongenszang in Nederland.

De opleidingsmogelijkheden werden verder uitgebreid in 2011 met de oprichting van het Nationaal Gemengd Jeugdkoor (voor sopranen, alten, tenoren en bassen). Het bestaande Nationaal Jeugdkoor werd omgedoopt tot Nationaal Vrouwen Jeugdkoor.

Onder leiding van Irene Verburg, die sinds 2015 dirigent is van het Nationaal Jongenskoor en daarvoor al jarenlang als vocal coach betrokken was, werden solistenklassen geïntroduceerd. In januari 2021 trad zij toe tot de artistieke directie naast Wilma ten Wolde. Na de overdracht van de artistieke taken door Wilma in 2023, vormt Irene samen met László Nemes de artistieke leiding van de Nationale Koren.

De bestuurlijke leiding van de organisatie ligt vanaf tevens 2025 bij Irene Verburg. 

Sinds de cultuurnotaperiode 2001 ontvangt VTN meerjarige subsidie van het ministerie van OCW. Vanaf 2009 via het Fonds voor Cultuurparticipatie en vanaf 2025 via het Fonds Podiumkunsten (Talentontwikkeling).

Overige musici die door de jaren heen betrokken waren als vaste dirigent van een van de Nationale Koren:

Peter Dijkstra (Nationaal Kinderkoor)

Annemieke van der Ven (Nationaal Kinderkoor Junior)

Suzanne Verburg (Nationaal Jongenskoor)

Georgi Sztojanov (Nationaal Jongenskoor)

David Wilson Johnson (Nationaal Gemengd Jeugdkoor)

Louis Buskens (Nationaal Gemengd Jeugdkoor)

‘Het opsporen en tot bloei brengen van jong vocaal talent’