Koen van der Meer studeerde filosofie, schoolmuziek, piano en muziektheorie in Saarbrücken. In deze tijd ontdekte hij zijn passie voor oude muziek en ging masterclasses volgen voor klavecimbel en directie bij Jesper Christensen, Jörg Andreas Bötticher, Peter van Heyghen, Georg Grün, Dan-Olof Stenlund en Ayline Zylberajch. Vervolgens studeerde hij een jaar aan het Lemmensinstituut in Leuven (België), klavecimbel bij Kris Verhelst en koordirectie bij Erik van Nevel. In 2012 sloot hij zijn studie koordirectie af bij Jos van Veldhoven aan het Koninklijk Conservatorium in Den Haag. Hij speelde enkele jaren klavecimbel voor het operagezelschap “PazzaCaglia”, waarmee hij op internationale festivals optrad.
Koen werkt regelmatig met koren en vocale ensembles, waaronder het Ensemble Noëma, het Erasmus Kamerkoor Rotterdam en Mnemosyne Nijmegen. Ook speelt hij verschillende toetsinstrumenten in ensembles voor oude muziek. Hij is docent muziektheorie aan het ArtEZ Conservatorium in Zwolle en het Koninklijk Conservatorium te Den Haag. Koen geeft sinds januari 2018 les voor de Nationale Koren in de lesplaats Den Haag.